南明同时受到北面和西面的攻击，灭亡已在旦夕之间。
为了防御来自北方的威胁，南明朝廷在江北开设四藩，兴平伯高杰镇守徐州、泗州，东平伯刘泽清防守淮安、扬州，广昌伯刘良佐镇守凤阳、寿州，靖南侯黄德功镇守滁州、和州。但江北四镇的这些军阀，除了黄德功之外，他们祸害百姓个个都是能手，但若是让他们对抗大清，则个个都成了怂蛋，还没等满清到来，就纷纷不战而逃或干脆不战而降。
江北四镇之一的刘泽清，他原先是山东总兵。大顺军迫近北京时，崇祯帝命山洞总兵刘泽清率部火速入卫京师，他谎称坠马受伤，拒不奉诏，不久大顺军进入山洞，他带领主力向南逃至淮安。后来大顺军被清军击败，山东自然也成为清军的地盘。清军南下时，扬州告急，南明朝廷命令刘泽清等人前往增援，可是他已经暗中策划向清朝投降了。刘泽清投降后，被清朝解除了兵权，后来清朝讨厌他的反复无常，将他和他兄弟几人凌迟处死。
刘良佐在清军南下时，主动率兵十万来降。后来主动帮助满清劝降黄德功。
高杰，原本是李自成的手下，由于同李自成的妻子刑氏私通，担心被李自成发觉，就策划向明军投降。高杰为人荒淫狠毒，他的军队军纪败坏，高杰驻军扬州城外时，坚决要求进入城内。扬州百姓害怕高杰不让他们进来，高杰一怒之下，居然率军攻打扬州城，天天抢劫乡村中的妇女。扬州知府马鸣录、推官汤来贺顽强的防守了一个多月。最终史可法打算把瓜州给高杰，他才停止攻城。后来高杰被河南总兵许定国设计所杀，扬州百姓听说他死后都相互庆贺。
黄德功行伍出身，在对农民军的战争中，黄德功迫降五营兵，擒马武，杀王兴国，破张献忠，战功赫赫。崇祯末年，封靖南伯，南明时晋为侯爵。后被满清包围，刘良佐在岸上大呼招降，黄德功怒斥他，刘良佐却乘其不备，突然朝他施放冷箭，一箭射穿了他的喉咙，眼见大势已去，黄德功抽刀自杀，光荣战死。
清军在摄政王多尔衮的弟弟豫王多铎的率领下，分兵毫州、徐州两路，向南推进，势如破竹，直至扬州。史可法收兵退保扬州，刘泽清、刘良佐以入卫南京为名，率部南逃。扬州被十万清军包围，而城内却只有一万守军，史可法急令各镇赴援，均无响应。
史可法统帅全军，坚守孤城。多铎派明降将劝降，后多尔衮致书诱降，史可法回信拒绝投降。在坚守了一个月之后，终因弹尽粮绝，城陷，史可法被抓后，多铎以宾礼相待，口称先生，百般诱降，许以高官厚禄。但史可法不为所动，英勇就义。扬州人在史可法领导下对满人的顽强抵抗，惹恼了统帅多铎，清军在占领扬州后，纵兵屠掠，十日不封刀，史称扬州十日，全城100多万扬州百姓惨遭清军屠杀。
历史上，除了令人发指的扬州十日外，后来又发生了嘉定三屠，苏州大屠杀，江阴大屠杀、南昌大屠杀、昆山大屠杀，嘉兴大屠杀、海宁大屠杀、四川大屠杀...据历史考证，清军入关后，据保守估计，屠杀的汉人达到五千万以上，可以说满人对汉人的暴行比日军的暴行更加凶残百倍。
满人在辽东从杀富户和杀穷鬼开始，对汉人实行的就是种族灭绝政策，只不过最后满人统治者觉得若是将汉人杀光了，就没有人给他们交税了，没有人供他们奴役剥削和吸血，满虫就无法过上腐朽堕落潇洒快乐的寄生生活了，因此才决定将有血性的汉人统统杀光，只留下被打断骨头的懦弱不敢反抗的汉人，成为满人世代的奴隶，满人则成为高高在上的主子，享受饭来张口衣来伸手的统治阶级腐朽生活。
鞑子一路基本没有遇到像样的抵抗，就兵临南京城下，眼看南京城就要被攻陷。
钱谦益的府上，钱谦益对柳如是非常的喜爱，柳如是也感于他的真心，渐渐互生情愫，夫妻两相敬如宾。
眼看南京即将城破，柳如是一心殉国，欲与钱谦益相伴投河自尽，钱谦益对她的想法却不予应答，他沉默不语的围着水池环绕了几周，最终下水试一下，道：“水太凉了，不能下。”柳如是一听满是激愤，一心向死并纵身一跃欲沉入水池底，被钱谦益硬生生拖着救了回来。
钱谦益平日里满口忠君爱国，到头来却不如一个青楼女子。他表面道貌岸然，内心却虚伪至极。
南京的皇宫之内，朱尔旦望着城外杀声震天，知道自己大势已去。他忍辱负重、苦心积虑了这么久，没想到却只做了短短几个月的皇帝。他很不甘心，他拿着一把火把，狂笑道：“哈哈哈，朕的江山，是朕的，谁也拿不走！”
朱尔旦决定与他的宫殿一起毁灭，很快宫殿火光冲天，朱尔旦和宫殿一起化为了灰烬。
很快，多铎攻克南京，包括内阁首辅马士英在内，无数的南明官员和普通士绅百姓自杀殉国，与马士英等有气节的大臣不同，钱谦益却和城伯赵之龙率在南京的文武大臣向清军投降。那天，柳如是特意身着大红袍，在一群投降的男人丛中倍加醒目，明朝的皇帝姓朱，朱就是红，柳如是心系大明，但无奈只能随夫投降，这些所谓的堂堂的七尺男儿比起她一个文弱的女子。
为献媚讨好新主子，在多铎进入南京的前两天，早已准备投降的赵之龙等人还主动剃去了头发，留起了金钱鼠尾辫，随后，魏国公、安远侯等明朝勋臣也纷纷效仿。
他们原本以为此举定会受到豫王多铎的赞赏，谁料不但没有受到多铎的赞赏，却遭到了一番羞辱。
因为对这些软骨头的这种无耻行径，就连多铎都感到十分的恶心，不但狠狠的唾骂了他们一番，还贴出告示：“剃头一事，本国相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民。尔等毋得不遵法度，自行剃之。前有无耻官员先剃求见，本国已经唾骂，特示。”
原来，在清军入关之后，因为明朝百姓的激烈反抗，在剃发令的执行上出现过几次反复。清军刚刚入关之时，命明朝官民“凡投诚官吏军民，皆著剃发，衣冠悉尊本朝制度，各官宜痛改故明陋习。”但是，这却起了反作用，因为百姓的反抗，多尔衮及时调整了剃发令的执行。宣布“予前因归顺之民无所分别，故令其剃发以别顺逆。今闻甚拂民意，反非予以文教定民之本心矣。自兹以后，天下臣民照旧束发，悉从其变。”
而赵之龙等人剃发向多铎献媚，当时执行的政策是“天下臣民照旧束发”，赵之龙等人的马屁正好拍到了马腿上，于是才有了多铎羞辱赵之龙等人的事情。
北京城，顺治帝已经在北京登基，一日早朝钱，一名汉人官员进来后，令众人吃惊的是，只见他同满人一样，不但剃了发，留了一根金钱鼠尾的鞭子，还改穿了满族官吏的服饰。
这名汉人官员名叫孙之獬，字龙拂，山东省淄川县人。天启二年举进士，为庶吉士，继为翰林院检讨。天启七年充顺天乡试正考宫。崇祯初年，廷臣请毁《三朝要典》，独哭争，遂被列入阉党逆案，革职为民。清入关后，召他入京，授官礼部右侍郎。
原来孙之獬为得满清欢心，有心“标异而示亲”。这一日上朝时他变得“焕然一新”。不过当时，朝臣分满汉两班，上朝的时候，满班大臣说他是汉人，不许他入班；汉班大臣说他是满人打扮，也不要他。徘徊于两班之间的孙之獬进退不得，狼狈万状。
孙之獬一怒之下便上疏提议让朝廷之前颁布的剃发令加快执行。疏言：“陛下平定中国，万事鼎新，而衣冠束发之制，独存汉旧，此乃陛下从中国，非中国从陛下也。”
多尔衮问群臣有何看法，大多数汉臣都反对，认为留发是汉人几千年的传统，强制剃发会引起汉人的强烈反抗。
多尔衮脸上很不悦，侯方域看出了多尔衮脸上的神色，他觉得自己的机会来了。
因为劝降左良玉有功，他被多尔衮封为礼部员外郎。在崇祯朝时，侯方域由于科举失意，而吴伟却考中了头名，强烈的心理不平衡，他带领举子到皇宫外抗议科举舞弊不公，被崇祯下旨终身不得参加科举，这是他心里永远的痛，也变成了他对大明刻骨的仇恨。
为了取悦多尔衮，以及怀着对前朝刻骨铭心的仇恨，侯方域站出来道：“奴才觉得孙大人所言有理，如今要想瓦解汉人的斗志，之所以反抗，惟有断掉他们的头发，改变他们的服饰，这样才能彻底断绝与前朝的关系，彻底融入我大清，成为我大清的忠实的奴才。微臣以为剃发易服之事刻不容缓，应该立即在全国执行。谁若不从，军法处置！”
侯方域的话正合多尔衮的心意，多尔衮脸上露出了笑容，赞许的朝这两个大清忠实的狗奴才、铁杆汉奸点了点头。
历来做官者多有为了利禄而卖身投敌的，但他们一般都要找一个冠冕堂皇的借口，例如“被逼无奈”、“同存共荣”等等，以掩饰自己的贰臣身份。明末有一大批明朝官员降清，他们对外说是因为清军帮他们打李自成，为明朝报了仇，所以他们投降了清廷。但类似“羞向两天传姓字”的高调他们平日也唱过，因而在做了贰臣后心里还是有些愧疚的，哪怕在“以暴易暴”之后，也尽量少去助纣为虐、为虎作伥。虽然汉官因为各种原因投靠了满清，但他们也是尽量保持汉人的利益和尊严，即使是以卖主求荣而闻名于史的吴三桂，也曾当面劝阻过多尔衮剃发令的实施。
像孙之獬和侯方域他们两人，为博得满人主子欢喜不惜出卖自己同胞的尊严，丝毫没有原则和底线的汉奸，汉官也深以为耻，不屑与之为伍，从此之后对两人是避而远之。
多尔衮采纳了孙之獬的提议，再次颁发“剃发令”，规定：“全国官民，京城内外限十日，直隶及各省地方以布文到日亦限十日，全部剃发。”并提出了残酷的“留头不留发，留发不留头。”
剃发，本是流行于满族的习俗，而几千年来汉人因“身体发肤，受之父母，不敢毁伤，孝之始也”的观念，成年后是不剃发的，“衣冠束发”成为汉人的外在标志。剃发严重伤害了汉人的感情，使他们失去了作为汉人的外在标志和不做奴隶的最后一道心理防线。人们纷起抗争，悲壮激烈的反剃发斗争风起云涌。
当时反剃发有多么惨烈、流过多少血泪，我们是难以想象的。王家桢《研堂见闻杂记》对这一段历史有很清楚的记载：中原之民，无不人人思挺螳臂，拒蛙斗，处处蜂起，江南百万生灵，尽膏草野，皆之獬一言激之也。原其心，止起于贪慕富贵，一念无耻，遂酿荼毒无穷之祸……”
不过这个不惜为了献媚满人主子，出卖自己民族尊严的汉奸孙之獬最终也没有落得好下场。由于他的为人实在太差，就连他的满人主子也对他非常的鄙夷，后以“久任无功，市恩沽誉”，被革职为民。
后来山东爆发了谢迁领导的农民起义，这时孙之獬正巧革职为民返回家乡。农民军攻入淄川，将其活捉，五花大绑示众街市，人们在他身上遍刺针孔，插上毛发，以惩罚其献媚清廷，创下剃发残害同胞的罪行。众人将其斩首市曹，暴尸通衢。消息传出，人们无不拍手称快，皆云罪有应得。
孙之獬的死讯传到京城，顺治帝给吏部下旨，讨论抚恤之事。侍郎陈名夏、金之俊建议，恢复孙之獬的原有官职，并给予抚恤；马光辉及启心郎宁古里建议，孙之獬已被削去官籍，不应当给予抚恤。“两议上，命用光辉议。”即两个议案一同上报朝廷，顺治帝最后采用了马光辉的建议，没有给予孙之獬任何旌表和抚恤。可叹这个汉奸最终落了个人人唾弃的下场，留下了千古骂名！
当清军下达“剃发令”，自然也引起南京城百姓的强烈反抗，而钱谦益这老东西的表现更加令人愤恨。他早上一起来，不动声色的对家人说：“头皮痒的厉害！”说完便一个人出门了，不长时间，钱谦益回来了，剃了发梳了辫子，优哉游哉地踱进家门，无耻之极！柳如是终于看清了他这个所谓大明忠臣的嘴脸，她的心也彻底死了。